继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外...
继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
本·巴恩斯,玛丽-露易丝·帕克,乔·弗瑞曼,朱利安·瑞钦斯,汉娜·高威,罗伯特·乔伊,丹·贝尔尼,马丁·罗奇
艾伦·旁派,米多莉·弗朗西斯,迈克尔·汤马斯·格兰特,阿黛莱德·凯恩,弗罗瑞安娜·利马,凯利·罗查,斯科特·斯比德曼
威尔·福特,罗宾·卡拉,Seán Óg Cairns,大卫·皮尔斯,Peter Bankolé,克丽·麦克莱恩,马鲁安·佐蒂,查尔斯·凯利,Fergus Mulligan,Clodagh Mooney Duggan,帕诺·马斯蒂,Zeff Lawless,Charlotte Carway,西沃恩·卡伦,大卫·威尔莫特,克里斯·瓦利,保罗·泰来克,诺玛·谢汗,Mary O'Driscoll,Mae Higgins
昆塔·布伦森,博德希·戴尔,泰勒·詹姆斯·威廉姆,丽萨·安·沃尔特,雪莉·李·拉尔夫,克里斯·佩尔费蒂,贾内尔·詹姆斯 ,威廉·斯坦福德·戴维斯,约什·拉策,莱拉·盖夫曼,西安·布罗德纳克斯,萨德·迪瓦恩,伦敦·卡温顿,戴维斯·梅森,乔治·沙佩尔森
艾伦·旁派,钱德拉·威尔森,小詹姆斯·皮肯斯,凯文·麦克基德,卡特琳娜·斯柯松,卡米拉·卢丁顿,凯莉·麦克里里,基姆·瑞弗,杰克·博尔利,克里斯·卡马克,理查德·福纳德,安东尼·希尔,凯特·伯顿,Jaicy Elliot,亚历克斯·兰迪,迪布拉·穆尼,陈凌,伯尼·克佩尔,科琳·波赫雷,迈克尔·盖曾,艾莉克丝·莱斯,阿比盖尔·斯宾赛,彼得·盖勒,斯科特·斯比德曼,Norman Nixon Jr.,Mark Anthony Williams,埃伦海兹,伊恩·阿尔达
