继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外...
继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
汤姆·哈迪,皮尔斯·布鲁斯南,海伦·米伦,琼安·弗洛加特,帕迪·康斯戴恩,劳拉·普沃,曼蒂普·迪伦,亚历克斯·芬恩,丹尼尔·贝茨,丽莎·德万,杰夫·贝尔,贾思敏·乔布森,艾米莉·巴伯,安森·布恩,德里坦·卡斯特拉蒂,詹姆斯·费舍尔,Bradley Turner,Ellen Costa,Daniel De Bourg,Prince Marfo
内森·菲利安
舒提·盖特瓦,瓦拉达·塞图,妮可拉·考夫兰,米莉·吉布森,乔纳·豪尔-金,克里斯托弗·钟,罗斯·艾林-埃利斯,雅奇·潘嘉比
伊万·麦克格雷格,查理·布尔曼
黛西·梅·库珀,赛琳·希兹利,达斯汀·德姆瑞·伯恩斯,大卫·芬恩
嘉科莫·吉安尼欧缇,瓦妮莎·摩根
