应该是从遥远的宇宙彼方K隆星来侵略地球的KERORO小队，在剧场版中却将地球从可怕的危机中拯救出来……这一次，KERORO军曹的面前出现了最新！最恶！最强的敌人！！
故事讲述冬树与KERORO小队一起去印加帝国的马丘比丘足迹参观，喜欢神秘事物的冬树当然是大为高兴，可是KERORO的脑袋里面装满了要侵略地球的事情。他们在那里因为迷路而发现了遗迹，后来因为突发状况而不得不从那里逃出。但在那时，冬树一瞬间看见了一位伫立在迷途中的少女。抱着对少女的不解之迷，冬树与KERORO回到了东京。不过这时，最强的敌人出现在了他们面前。样子和KERORO一模一样，但与KERORO不同天空対決戦ｔテンクウたい的是，他是要迅速且透彻地策划侵略地球的黑暗KERORO。他带领着部下CIBABA、DORURU、MIRURU一起在世界各国开始了侵略行动。而迎击这一切的KERORO小队的命运是？……
知念英和,日野友辅,宫部望美,塚本高史,千岁真知,泷泽谅,川崎帆帆花,古贺瑠
知念英和,日野友辅,宫部望美,塚本高史,千岁真知,泷泽谅,川崎帆帆花,古贺瑠
花江夏树,前田佳织里,上田丽奈,竹达彩奈,小松未可子,子安武人,三木真一郎,上田燿司,稻田彻,宫田俊哉
岛野花,加隈亚衣,青山吉能,乾夏宁,会泽纱弥,萌梓
三川华月,古贺葵,远野光,上田丽奈,河濑茉希
峰田大梦,伊南羽桜,川井田夏海,稗田宁宁,中岛良树,市道真央,世界（EXILE,FANTASTICS）,南条爱乃,小山刚志,金元寿子,日野聪,田村真佑