继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
嘉科莫·吉安尼欧缇,莫妮卡·格瑞托
珊·布鲁克,马丁·麦凯恩,凯瑟琳·德夫林,内森·布兰尼夫,汉娜·麦克莱恩,乔安妮·克劳福德,安迪·奥修,弗兰克·布莱克,帕蒂·杰金斯,德斯蒙德·伊斯特伍德,安德里亚·厄文,奥依申·麦卡恩,阿比盖尔·麦吉本,谢默斯·奥哈拉,莎娜·凯斯雷克,克雷格·麦金莱,丹·戈登
乔纳森·哈登,珊·布鲁克,凯瑟琳·德夫林,乔纳森·布兰尼夫,马丁·麦凯恩,戴恩·怀特·奥哈拉,汉娜·麦克莱恩,安迪·奥修,杰拉德·乔丹,约翰·林奇,瓦伦·凯恩,理查德·多默,乔安妮·克劳福德,迈克尔·谢伊,纳比勒·埃卢比,马特·卡弗,斯蒂芬·博姆,艾萨克·赫斯利普,彼得·坎皮恩,德斯蒙德·伊斯特伍德,安德烈·厄文,帕蒂·杰金斯,弗朗基·麦卡弗蒂,查理·马赫,派克·李,德克兰·朗,布赖恩·米利根,海伦娜·布林,露易斯·帕克,杰拉德·麦凯布,蒂姆·洛恩
杰拉·哈斯,Dimitrij Schaad,朱利叶斯·费梅尔,Marta Sroka,文森特·莱德特茨基,弗拉基米尔·布尔拉科夫,Thandi Sebe,Yun Huang,Alessija Lause,斯特菲·库内特,Rodrigo Rojo,Jürgen Heinrich,Lisa Hrdina,Alexander Hörbe,马库斯·冯·林根,Simon Eckert,马丁·斯特兰奇
伊娃·朗格利亚,桑地亚哥·卡布瑞拉,卡门·毛拉,Jim Kitson,Layna Sheppard,Vianessa Castaños,加里·安东尼·斯坦内特,Lolo Herrero,科林·摩根,克雷格·史蒂文森,Victoria Bazua,Tian Tosas,阿莫里·诺拉斯科,格洛里亚·穆诺兹
加布里埃尔·利昂纳,Matt Mella,Johannes Heinrichs,乔·赫斯特,斯蒂文·麦金托什,卡雅·斯考达里奥,汤姆·麦凯,查理·汉布利特,帕特里克·肯尼迪,Arron Long,里昂·奥肯登,帆足佳佑,汤姆·曼尼恩,阿诺·维亚德,Pâmela Tomé,理查德·克洛西尔,Rob Compton,克里斯蒂安·马尔赫罗斯,Alice Wegmann,Raymond E. Lee