继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
泰勒·霍奇林,比茜·图诺克,亚历山大·加芬,乔丹·阿尔萨斯,亚当·雷纳,艾瑞克·瓦德兹,斯黛西 法波,沃尔·帕克斯,迪伦·沃尔什,埃曼纽尔·施莱琪
泰勒·霍奇林,比茜·图诺克,伊恩·鲍汉,珍娜·迪万,Djouliet Amara
泰勒·霍奇林,比茜·图诺克
泰勒·霍奇林,比茜·图诺克,亚历山大·加芬
本·巴恩斯,玛丽-露易丝·帕克,乔·弗瑞曼,朱利安·瑞钦斯,汉娜·高威,罗伯特·乔伊,丹·贝尔尼,马丁·罗奇
哈维尔·古铁雷斯,特里斯坦·乌罗阿,坎德拉·佩尼亚,艾丽西娅·博拉切罗,弗兰塞斯克·奥雷利亚,Tito Asorey,里卡多·德巴雷罗,Vianessa Castaños,Felice