继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
本·巴恩斯,玛丽-露易丝·帕克,乔·弗瑞曼,朱利安·瑞钦斯,汉娜·高威,罗伯特·乔伊,丹·贝尔尼,马丁·罗奇
哈维尔·古铁雷斯,特里斯坦·乌罗阿,坎德拉·佩尼亚,艾丽西娅·博拉切罗,弗兰塞斯克·奥雷利亚,Tito Asorey,里卡多·德巴雷罗,Vianessa Castaños,Felice
托比·琼斯,莫妮卡·杜兰,茱莉‧赫斯姆德哈尔格,阿历克斯·杰宁斯,伊恩·哈特,莉娅·威廉姆斯,威尔·梅勒,克莱尔·加尔布雷斯,邵恩·杜里,阿米特·沙阿,莱斯利·尼科尔,亚当·詹姆斯,凯瑟琳·凯丽
诺尔·费丁,休·博纳维尔,艾丽·怀特,马克·伍顿,德维恩·博阿奇,塔姆辛·格雷格,阿西姆·乔杜里,多莉·韦尔斯,乔·威金森,杰弗里·麦吉弗伦,迈克尔 菲尔丁,塞缪尔·利基,凯丽·弗莱赫蒂,马克·希普
嘉科莫·吉安尼欧缇,莫妮卡·格瑞托
珊·布鲁克,马丁·麦凯恩,凯瑟琳·德夫林,内森·布兰尼夫,汉娜·麦克莱恩,乔安妮·克劳福德,安迪·奥修,弗兰克·布莱克,帕蒂·杰金斯,德斯蒙德·伊斯特伍德,安德里亚·厄文,奥依申·麦卡恩,阿比盖尔·麦吉本,谢默斯·奥哈拉,莎娜·凯斯雷克,克雷格·麦金莱,丹·戈登