14年前，初号机疑似神化第一形态的觉醒带来近三冲击，使世界发生前所未有的巨变。在此之后，葛城美里（三石琴乃 配音）等NERV旧部出走，成立了反抗seele和NERV的Wille。Wille授命明日香（宫村优子 配音）和真里（坂本真绫 配音）夺回被封印在卫星轨道上的初号机和碇真嗣（绪方惠美 配音），但绝对禁止真嗣登上初号机。感受到周遭的敌意，懵懂的真嗣跟随绫波丽（林原惠美 配音）登上突然入侵的九号机，返回了千疮百孔的NERV总部。在这里，他意外重逢朝思夜想的绫波，还从父亲那里得知自己将和美少年渚薰（石田彰 配音）共同驾驶十三号机。长达14年的空白，期间的沧桑巨变和情感纠葛让真嗣不知所措。而看似温柔的渚薰为他揭开了种种难以置信的真相……
本片为EVA新剧场版四部曲的第三部。
岛野花,加隈亚衣,青山吉能,乾夏宁,会泽纱弥,萌梓
三川华月,古贺葵,远野光,上田丽奈,河濑茉希
峰田大梦,伊南羽桜,川井田夏海,稗田宁宁,中岛良树,市道真央,世界（EXILE,FANTASTICS）,南条爱乃,小山刚志,金元寿子,日野聪,田村真佑
小野大辅,坂本真绫,钉宫理惠,小林亲弘
平田广明,东山奈央,上田瞳,广濑有纪,矢野妃菜喜,斋藤千和,石川界人,仲田亚里沙,逢坂良太