西历2071年，迷之机械细胞群突然开始了世界规模的人类讨伐作战计划。2074年，经过长期抗战之后，处于劣势的人类动用了最终破坏兵器，为了歼灭敌人，甚至不惜付出牺牲自己国家庞大国土的代价。于是主要大陆被分成了数块，南极大陆也消失了，地球上的50%以上的陆地被海水所淹没。大战经过了十年后…ddd
原本在大战中受伤而退伍不再当飞行员的冬后大佐，却突然接到了特殊命令。负责教育驾驶日本海军机密研发的、汇集了所有最新设计理念的新武器的飞行员们。令人惊讶的是，这三名飞行员候补生都是十几岁的女孩子。精英军人家庭中成长的一条瑛花也就算了，看着与战争看起来扯不上边的IQ200的天才少女园宫可怜、以及看起来唯一的优点就是有精神的少女樱野音羽这两个人，冬后哑口无言……在严酷的训练中，三人之间的羁绊也越来越深了。
被称为“SKYGIRLS”的少女们，背负着人类的未来和希望。现在正翱翔在这广阔的天空中！！
濑户麻沙美,齐藤壮马,麻仓桃,浦和希,兴津和幸
小林裕介,古川慎,市之濑加那,沼仓爱美,佐藤元,高桥花林,河西健吾,麦人,中村悠一,石田彰,小野贤章,铃木崚汰,坂本真绫,野岛健儿,游佐浩二
花譜,理芽,春猿火,ヰ世界情緒,幸祜
滨野大辉,新崎瑞季,阿座上洋平,会泽纱弥,根本优奈
若山诗音,花江夏树,田中真弓,水树奈奈,佐仓绫音,石川界人,矶边万沙子,田村睦心,吉野裕行,大空直美
中山祥德,井上穗乃花,户谷菊之介,内山昂辉,石桥阳彩,山根绮