在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。
数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
濑户麻沙美,齐藤壮马,麻仓桃,浦和希,兴津和幸
小林裕介,古川慎,市之濑加那,沼仓爱美,佐藤元,高桥花林,河西健吾,麦人,中村悠一,石田彰,小野贤章,铃木崚汰,坂本真绫,野岛健儿,游佐浩二
中山祥德,井上穗乃花,户谷菊之介,内山昂辉,石桥阳彩,山根绮
武内骏辅,橘茉莉花,铃代纱弓,伊濑茉莉也,松田飒水,铃木崚汰,安济知佳
村濑步,藤原夏海,间宫康弘,咲野俊介,园崎未惠,柴田伊万,东地宏树,菲鲁兹·蓝,谷育子,中村源太,林大地,丹羽哲士,小林直人,名村幸太朗,比嘉良介,羽佐间道夫,藤原贵弘,楠见尚己,玄田哲章
日向未南,天海由梨奈,古贺葵,青山吉能