在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。
数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
田中真弓,冈村明美,中井和哉,山口胜平,平田广明,大谷育江,山口由里子,矢尾一树,长岛雄一,池田秀一,古川登志夫,古谷彻,大塚周夫,津嘉山正种,草尾毅,大场真人,宝龟克寿,园部启一,柴田秀胜,中博史,阪口大助,竹内顺子,千叶繁,三石琴乃,挂川裕彦,堀秀行,田中秀幸,大友龙三郎,有本钦隆,大塚明夫,玄田哲章,小山茉美,土井美加,野田顺子,渡边美佐,野上尤加奈,林原惠美,水树奈奈,园崎未惠,西原久美子,久川绫,泽城美雪,池泽春菜,斋藤千和,神谷浩史,浪川大辅,森久保祥太郎,石田彰,高木涉,桧山修之,子安武人,
天城莎莉,千叶翔也,小山内怜央,石原夏织,结川麻希,茅野爱衣
小林裕介,白浜灯奈乃,内山昂辉
小松未可子,丰崎爱生,石川由依,川原庆久,入野自由,七濑彩夏,田所梓,和久井优,子安武人,浅野真弓,大桥贤一郎,猪股慧士,林鼓子,福岛晴菜,天麻优希,宫崎游,铃木崚汰,山本和臣,水内清光,后藤邑子,土门仁,福山润,金子诚,高坂笃志,大塚芳忠
市川苍,小西克幸,松冈祯丞,花守由美里,森川智之,新祐树
诹访部顺一,稻垣好,白石兼斗,内田真礼